HIV在病毒分類中屬逆轉錄病毒科慢病毒屬中的人類免疫缺陷病毒組。以下4個方面的原因使其基因有很高的變異性：
1.高錯誤率的逆轉錄酶，復制時不能及時切除錯誤引入的核苷酸，約每個復制循環中就會發生一個錯誤使病毒復制時發生隨機變異。
2.病毒快速的復制，大約每天一個HIV感染者要產生并清除100億個病毒顆粒。
3.宿主的免疫選擇作用，在宿主免疫壓力作用下，使能激發宿主細胞或體液免疫的基因組的變異高于其他部位，如gp120 V3環高變區。
4.不同病毒株DNA之間的基因重組。
HIV基因全長約9.8kb，含有gag、pol、env3個結構基因、2個調節基因（tat反式激活因子、rev毒粒蛋白表達調節子）和4個輔助基因（nef負調控因子、vpr病毒r蛋白、vpu病毒u蛋白和vif毒粒感染性因子）。
HIV是一種變異性很強的病毒，各基因的變異程度不同，env基因變異率最高。迄今為止全球流行的HIV根據血清學反應和病毒核酸序列測定可分為二型，HIV-1型和HIV-2型。在HIV-1和HIV-2二型之間,其核苷酸序列只有40-60%的同源性。在HIV-1型內，各亞型之間的基因離散率是20%~35%、同一亞型內的基因離散率是7%~20%。
目前全球流行的主要是HIV-1，根據編碼包膜蛋白的env基因和編碼殼蛋白的gag基因序列的同源性，HIV-1型又進一步分為3個組，M組（main即主要組）、O組（outline即外圍組）和N組（new，or non-M，non-O新組或非M非O組），其中M組至今有A，B，C，D，E，F，G，H，I，J，K11個亞型。此外，近年來發現多個流行重組型。O組是1990年從喀麥隆和加蓬分離到的，與M組其他亞型的氨基酸序列只有50%的同源性。N組是最近才從兩名喀麥隆病人分離到的，在系統樹上，既不屬于M組，也不屬于O組的一組新病毒，故稱N組。
HIV-2的生物學特性與HIV-1很相似，但其傳染性較低，引起的艾滋病臨床進展較慢，癥狀也較輕。HIV-2型至今至少有A，B，C，D，E，F,G7個亞型。
我國以HIV-1為主要流行株，目前已發現的有A、B（歐美B）、B’（泰國B）、C、D、E、F和G8個亞型,還有不同流行重組型。1999年以來在部分地區發現并證實我國有少數HIV-2型感染者。但至今尚未發現有O型及N型的報道。
盡早發現并鑒定HIV各種亞型，對于流行病學調查、及時做出診斷、研發新的診斷試劑、新藥物研制以及疫苗的開發研究等均具有重要意義。
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